Bohumil Kubišta byl nemanželským synem z chudé venkovské rodiny, proto cestu k umění neměl snadnou, ale prosadil si ji. Finančně ho podporoval jeho strýc, učitel Oldřich Kubišta. Už během studií na reálném gymnáziu v Hradci Králové projevoval zájem o výtvarné umění. Navštěvoval kurz kreslení a malování v Průmyslovém muzeu a přednášky Maxe Dvořáka o moderním umění. Po maturitě Bohumil Kubišta od roku 1903 studoval na Uměleckoprůmyslové škole v Praze, ale po konfliktu s ředitelem školy už následující rok přešel na Akademii výtvarných umění do ateliéru Vlaho Bukovace. Ani zde dlouho nevydržel a kvůli rozporným názorům na směrování výtvarného umění z akademie odešel. V roce 1904 nastoupil na vojenskou službu do školy pro důstojníky v záloze v Pule. Po jejím absolvování se roku 1906 vydal do Florencie, kde se stal posluchačem Reale instituto delle belle arti. Kromě kresby a malby se pokoušel také o grafiku. Akademický styl výuky ho neuspokojoval a proto předčasně ze školy odešel před ukončením prvního semestru. Na podzim roku 1906 podnikl s přáteli Emilem Fillou a Antonínem Procházkou cestu po Evropě.

Na jaře roku 1907 se vrátil do Prahy, aby se zapojil do činnosti výtvarného sdružení Osma, které pořádalo svou první výstavu. Proběhla bez většího zájmu veřejnosti. Kubišta na ní vystavoval 14 prací, mezi nimi vlastní podobiznu a pastely z Puly a Florencie. V té době se seznámil s F.X.Šaldou, který se stal v budoucnu jeho příznivcem. V následujícím období intenzivně tvořil, ale stále se potýkal s existenčními problémy. Pro své obrazy nenašel téměř žádné kupce. V listopadu 1907 se zapsal ke studiu architektury na Vysokém učení technickém v Praze, ale vydržel tam jen jeden rok.

S finanční výpomocí svého strýce odjel v březnu roku 1909 do Paříže. Zůstal tam do konce června, studoval současné francouzské umění, především Paula Cézanna. Byl tam také jako neoficiální vyslanec skupiny Osma a Spolku výtvarných umělců Mánes s cílem domluvit pro Prahu výstavu mladých francouzských autorů. Podruhé odjel do Paříže v prosinci téhož roku a ve svízelných existenčních podmínkách tam pobýval až do června 1910. Kromě strýcovy podpory mu finanční problémy pomáhaly překlenout různé teoretické statě a studie o výtvarném umění, které psal pro F.X.Šaldu. V Paříži navázal kontakty s francouzskými umělci a galeristy i dalšími německými a českými malíři. V březnu 1910 byl přijat do spolku Mánes.

Od poloviny roku 1910 žil a tvořil v Praze. Psal kritické články o starší generaci krajinářů z okruhu časopisu Dílo, které dráždily české prostředí. Vedl nekompromisní zápas o prosazení nového výtvarného stylu. Dostal se do konfliktu s Josefem Ullmannem, který Kubištu fyzicky napadl po jeho reakci na vystavení obrazu malovaného oslem. Skandál byl řešen před soudem a skončil Ullmannovou omluvou.

Kubišta byl jmenován tajemníkem Klubu za starou Prahu. Ukončil spolupráci s Šaldovým časopisem Novina, psal do České kultury a Přehledu. Na jaře roku 1913 ho bezvýchodná finanční situace přiměla znovu vstoupit do rakouské armády. Byl přidělen jako důstojník k pevnostnímu dělostřelectvu v Pule a nové povinnosti znamenaly útlum jeho umělecké činnosti. V Pule sloužil i během první světové války, dokonce se podílel na potopení francouzské ponorky Curie v prosinci 1914. Za tento čin získal vojenský Leopoldův řád, do konce války byl povýšen nejdříve na nadporučíka, později i do hodnosti setníka.

Kubišta přijel 27. října 1918 na dovolenou do Prahy a jako jeden z prvních se po vyhlášení samostatného státu přihlásil do československé armády. Krátce na to onemocněl a zemřel na španělskou chřipku ve věku 34 let.

Je pohřben v Kuklenách (od roku 1942 část Hradce Králové). Jeho náhrobní pomník s velkým plošným reliéfem a nápisem „Obsáhnouti život silným tahem“ je dílem sochaře Františka Bílka.

Bohumil Kubišta za sebou zanechal 128 olejů a pastelů a řadu grafických prací.

V roce 1920 se zásluhou jeho přítele Jana Zrzavého podařilo uspořádat posmrtnou výstavu Kubištova díla v Domě umělců českoněmecké Krasoumné jednoty (Rudolfinum)